当张无忌在两天后率领明教的队伍赶到少林寺时，面对的只是一座空荡荡的寺院。
赵敏的下一步目标是武当，那里最可怕的对手自然是张三丰，面对这位武当山上的宙斯，任何正面的对敌都是不可想象的。但是她巧妙地派遣一名金刚门的僧侣以少林和尚的身份出现，借警告武当的名义偷袭并重伤了张三丰，完成了这个不可能的任务。但这一毁灭武当的绝佳时机却因为张无忌和明教主力的及时赶到而被破坏。张无忌轻易击败了赵敏手下的武术精英们，使得这位女公爵不得不狼狈地率属下们撤退。此时，明教歼灭六派远征军的消息已经传开，江湖世界的各个角落无不严加戒备，再突袭其他中小门派已经难以成功，也没有多大的意义。赵敏只能满足于她现在的成果：她将六大派的俘虏们带到京郊的一座修道院关押了起来，徒劳地逼迫他们向帝国政府投降——直到他们半年后被明教的义军救出。
无论如何，赵敏的做法是极度令人困惑的。这一案例在此后长时间内都被作为政治科学中经典的反面教材，它清楚地表明了一个战术上的辉煌胜利是如何导致战略上惨败的。六大派的被俘当然严重地削弱了江湖世界对帝国政治权力的抵抗，但只要产生二者对立的结构性因素仍然存在，任何一劳永逸将对方纳入自身统治的设想都只是天真的梦幻。在帝国的统治已经摇摇欲坠的时代，这一做法只能引起更加强烈的反弹，将本来只是消极不服从蒙古人权威的江湖主导势力推向积极反抗帝国统治的立场。可以想象，即使六大派屈服并投降，也只是暂时的妥协，刺刀下的一时服从必将转变为反戈一击的决心。而一旦江湖主导势力站在了和明教相同的激进立场上，原有的均势会被彻底打破，江湖世界会形成新的秩序，帝国的旗帜也将在狂风暴雨中被撕得粉碎。这一切正是事实上所发生的情况。一个成熟的政治家在这个时候不会梦想消灭或臣服六大派，而应该竭力维护其稳定的存在，正如俾斯麦在1866年对奥地利所作的那样。
赵敏的战略进攻所造成的，也是构成新秩序之雏形的第一个结果，就是在武当山战役后缔结的明教-武当同盟，简称第一次明武同盟（ first m-w union）。在某种意义上，这一同盟是张三丰主动促成的，但从另一方面来看，他此时也没有其他的选择。包括武当主力在内的六大派被俘，以及他本人的负伤，已经将武当置于自开创以来最危险的境地，只有和明教的联合才能最大限度地挽救武当的危机。何况由于明教教主张无忌本来的武当弟子身份及对他本人的尊敬，张三丰有足够理由相信，这种形式的同盟关系将最大限度地保证武当的利益。另一方面，对明教而言，这一同盟意味着明教被江湖主导势力所接受的第一步，明教的地位将获得极大的提升。而从历史的角度看，这一联盟也意味着江湖世界结构性大变动的开始。
明武同盟的一个例证是战后不久，殷梨亭和杨逍的女儿杨不悔之间缔结的政治婚姻，换句话说，这实际上是武当与明教之间的联姻。由于殷梨亭和杨逍之间的历史积怨，这一联姻具有丰富的象征意义：从实质上来说，杨逍用自己的女儿补偿了夺走殷梨亭未婚妻的极大侮辱，这意味着明教对武当的让步，而从形式上来说，殷梨亭在张三丰的首肯下奉昔日的仇敌为法律上的父亲（father-in-law），也意味着武当承认了明教地位的合法性。这样，在张无忌之外，武当与明教之间现在有了另一条牢固的纽带。这对武当和张三丰来说，是一个合乎时宜的政治决断，从此之后，武当不是和明教一样沦为人所不齿的邪恶魔鬼，就是和后者一起上升到江湖世界权力结构的顶层。
对杨逍本人来说，与殷梨亭的联姻也带来了意外的收获。他曾经期望能将女儿嫁给张无忌而成为后者的岳父，虽然这一设想未能实现，他反而被迫将女儿嫁给条件并不理想的殷梨亭，但结果却对他更有利：张无忌因为对他的歉疚而越来越多地倚重于他，而韦一笑、殷天正等反对派也对他的牺牲无话可说。此后几个月中，杨逍实际上成为了明教事务真正的决策者，在张无忌的神性权威下得以充分施展其政治军事才能而弥补其缺乏领袖魅力的短处，直到八月十五日的第一次蝴蝶谷大公会议（first cil of butterfly valley），令他在法理上也拥有了这样的地位。
八月十五日，在上一次大公会议后三十年，在张无忌的故居蝴蝶谷召开了中国明教第三十五次大公会议。多年前，胡青牛曾经在这里靠自己精湛的医术试图弥补明教的裂痕，重新团结整个明教，而今天这座山谷见证了他的梦想的实现。全国各地重要的祭司、长老及护教军官约1000人参加了会议。这一会议具有宗教和政治上的双重重要性，在宗教上，会议发布了后来被奉为最高权威的《蝴蝶谷信经》，解决了一系列神学问题，在形式上统一了天鹰宗、弥勒宗、白莲宗等各宗派的教义。杨逍、殷天正、彭莹玉等人共同宣布世界已经到了即将毁灭的末日，明尊降罚于世人，1348年-1350年西亚和欧洲的黑死病，1352年的秦州大地震，以及近年的黄河水灾都是明尊的惩罚。明尊、弥勒和天鹰是三位一体，化成肉身降世为人类赎罪，即张无忌本人。张无忌为了拯救犯罪的世人而降生，他在光明顶被倚天剑所杀死，被埋葬三天后又复活，从此将驱除一切黑暗力量，在大地上作王一千年，带来人间天国。
这种宗教意义的政治后果就是，明教空前成功地树立了以张无忌为中心的最高权威。如果仅仅把张无忌看成是和方腊、阳顶天一样的教主，是对这种政治权威的极大误解。张无忌所拥有的是一种严格意义上的“克里斯玛型”权威。这种权威无论是从其程度还是力量上都远远超过前任教主们的传统和法理权威。正如韦伯所说：“克里斯玛统治者的权力是建立在被统治者对他个人使命的纯粹实际承认的基础上的，……这种承认的渊源在于信仰上倾心于不同寻常的和闻所未闻的，对任何规则和传统都是陌生的，并因此而被视为神圣的个人魅力和品质的东西。”
张无忌的权威为衰颓的明教注入了崭新的精神动力并指向弥赛亚主义的价值目标，并让明教得以排除过去种种看似不可克服的阻碍并重新组合各派系的政治资源，在总部的指挥下发动全国性的反元暴动。在会议上，以张无忌的名义发布了一系列的命令，在全国范围内进行了精心安排的战略部署，其具体细节如下：
1． 总指挥部：主帅张无忌，副帅杨逍，韦一笑，直接指挥五行旗。
2． 江南战区：由殷天正主持、下辖殷野王、李天垣等天鹰教旧部。
3． 淮北战区：由朱元璋主持，下辖常遇春、孙德崖诸部。
4． 河南战区：由说不得主持，下辖韩山童、刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、王显忠、韩皎儿诸部。
5．江西战区：由彭莹玉主持，下辖领徐寿辉、邹普旺、明五诸部。
6．两湖战区：由张中主持，下辖布三王、孟海马诸部。
7．江苏-山东战区：由周颠主持，下辖芝麻李、赵君用诸部。
8．西域战区：由冷谦主持，下辖西域各军，负责对西域蒙古军进行牵制。
从这一部署中可以明显看到，阳顶天死后所出现的各派系在这一时期的实力消长发生了意味深长的变化。首先，也是最引人注目的是权力中枢的组成：在张无忌、杨逍、韦一笑的“三套马车”中，权力关系是不平衡的：张无忌无疑拥有无可挑战的最高权力，但显著缺乏政治经验和意愿的个性使得他在很大程度上成为杨逍贯彻其意志的工具；杨逍不仅恢复了阳顶天时期的权力，其实际影响力更远远超过以前，几乎是没有教主头衔的教主；另一方面，韦一笑虽然也进入了权力中枢，却不具备和杨逍竞争的政治才能，对于张无忌也缺乏影响。我们记得，在空位时期韦一笑成为三巨头之一的条件就在于其政治地位和政治才能的不成比例，才能政治才能突出但缺乏地位的五散人集团推举为教主继承人。而一旦继位问题获得解决，韦一笑就是一条政治上的死狗，五散人也不愿意成为他的附庸。事实上，五散人被分配成为各地方的实权人物，也大感心满意足。这一派系就此烟消云散。
其次，对于殷天正来说，令人困惑的是作为教主外公的他并未得到很高的地位，更未能进入中枢，反而和五散人一样被分配到各地方。一些学者因此怀疑是杨逍在玩弄政治手腕以削弱殷天正的权力。这种怀疑并非没有理由，但从另一个角度看，这一安排也可以得到辩护：殷天正已经耗尽了除天鹰教军队外全部的政治资本：他当年的分裂之举是对明教的最大损害，而光明顶战役中，天鹰军团的消极不作为又是导致明教几乎覆灭的最重要内因。对于这样的行径，除了张无忌本人之外的任何人上台，都会予以严厉的惩处。张无忌继位后对此不予追究，这已经是最好的结果，如果再擢升殷天正将会引起大多数教众对教主任人唯亲不满。另外，虽然在形式上天鹰教和明教已经统一，但是组织上的裂痕仍然存在。收编天鹰教将是极其棘手的任务，在今后的一系列整合中，大量的利益摩擦和派系冲突将会不断涌现，这些必须由殷天正本人出面才能弹压。而殷天正父子也担心改编天鹰教的过程会触动自己的根本利益，因此更希望回到东南部去亲自监控。
或许更重要的一点是，五行旗被极大的削弱了，它们丧失了政治上的重要而为杨逍所控制，而与此同时，从这一母体中产生了韩山童、朱元璋等明教地方军阀势力，他们的独立地位在蝴蝶谷会议中被承认。这是近十几年来五行旗内部演变的必然结果：弥勒宗等通俗信仰的传播令许多贫苦农民皈依在五行旗的旗帜下，同时上层组织的长期瘫痪使得这些新增的力量被一些中低级将领所吸收，成为其私人军队，而并未被充分整合到明教母体中。光明顶战役在此起了催化剂的作用：在以庄铮为代表的大批忠于光明顶的老一代领导人纷纷战死后，五行旗内部出现了严重的权力真空，这一权力真空很快被朱元璋、常遇春等留守东方的低级将领所占领。在之前十多年中发展起来的大批中低层教众越来越多地成为这些半独立的军阀们的私家军队。虽然他们有时仍然打着金木水火土的旗号，但无论从军事作战的实际需要来看，还是从政治关系的实质变化来看，五行旗作为明教主体的军事组织，都已经不复存在了。明教的指挥层越来越难以再用五行旗的旧统属关系对此加以束缚，因此不得不一方面赋予这些脱胎自五行旗的军事力量以相对独立地位，另一方面，为了加强总部的权威而将五行旗的一部分精兵重新编制后归于总部直辖——事实上被杨逍所控制。
明教的领导层当然不可能放任地方势力坐大而无所约束。事实上，这次会议与其说是——如金庸等许多传统史学家所误解的那样——旨在“发动”反元起义，不如说是试图对已经存在多年的起义力量加以约束和控制。譬如1351年，韩山童、刘福通等人已经在颖州起义，徐寿辉在湖北蕲春起义；第二年，郭子兴和孙德崖在濠州起义，人们所熟悉的朱元璋及其开国将帅就是在此时加入了明教起义军，并在郭子兴病逝后掌握了濠州大权。这些起义发生在光明顶权威极度衰落的时期，因此丝毫也不受光明顶的控制。一些起义者甚至无法无天到了自封帝王的程度：韩山童给自己加上了“明王”的头衔，徐寿辉也自称为皇帝。瘫痪的光明顶只能对此装聋作哑。但在新的最高权力树立后，对这些危险的倾向加以整肃就成为明教整合自身首要的任务。蝴蝶谷会议明确要求僭越者废除帝王号，服从由总部特派的五散人的指挥。对于大多数底层教众来说，这是一个好消息：如果全国各地的起义军能在一个权力中枢的调派下协同、应援，推翻帝国统治的几率无疑要增加很多。但对于那些手掌兵权，自称皇帝王公的地方军阀来说，这一看似温和的命令所蕴含的信息就不那么令人欢迎了。很快，他们将会发动反击。在弥赛亚主义的狂热下，一切现实的算计都会暂时让位于“克里斯玛”权威所带来的美好憧憬，但当宗教的热潮退去，权力斗争的冷酷逻辑又会像历史上一再发生的那样，将这个曾经的理想共同体再度撕得四分五裂。
蝴蝶谷会议后不久，张无忌主持了对六大派的营救行动。感谢明教发达的情报系统，六大派武术家在汗八里被秘密囚禁的信息很快就被报告给张无忌。在蝴蝶谷会议后，他立即率杨逍和韦一笑前往汗八里。在那里，这个出生在白令海上、一生绝大多数时间都在乡野和山林间渡过的青年第一次见识到了这个时代的世界之都，也是有史以来最繁荣的都城之一，并意识到自己很可能在几年之内就成为它的新主人。
六大派的武术家们被囚禁在西郊万安寺（今北京白塔寺）的塔楼中。这座皇家寺院约由三千间房屋组成，是1271